临床主要用于治疗外感发热、流行性感冒、系统性红斑狼疮、病毒性肝炎、急性阑尾炎、胆汁反流性胃炎、胆囊炎等病症。

1.系统性红斑狼疮：以蒿芩清胆汤合用泼尼松治疗系统性红斑狼疮活动期60例，对照组60例予环磷酰胺和泼尼松，治疗3个月，观察SLE活动指数及各项免疫指标。结果：治疗后总有效率分别为82.7%、76.7%，两组有效率差异无显著性意义(Pgt;O.05)。(《中国中西医结合杂志》2006年第5期)

2.病毒性肝炎：以蒿芩清胆汤为主联合拉米夫定治疗湿热并重HBeAg阳性慢性乙型肝炎57例，与单用拉米夫定52例治疗相比。结果：表明治疗组ALT、AST、TBiL、HBV- DNA指标恢复正常优于拉米夫定治疗。(《内蒙古中医药》2013年第33期)

3.急性阑尾炎：以本方治疗湿热内郁型急性阑尾炎42例，以症状体征正常或消失为有效，治疗后总有效率92.8%。(《陕西中医》1995年第11期)

4.外感发热：以蒿芩清胆汤为基本方药，治疗在夏秋季节为主发病的外感发热100例。以24小时内体温恢复正常，伴随症状缓解为痊愈；以服药1剂，24小时内体温下降1～2℃，伴随症状缓解为显效。结果：经治疗临床痊愈37例，显效58例，无效5例，总有效率95%。(《中国中医急症》1999年第4期)

5.流行性感冒：蒿芩清胆汤加减治疗流行性感冒，治疗组药物组成：青蒿25克，枳壳、竹茹、陈皮、茯苓、姜半夏各12克，大青叶、石膏、金银花、黄芩各20克，麻黄6克，甘草3g。水煎服。对照组给予抗病毒颗粒。两组3日为一个疗程，结果：显示，两组差别对比有统计学意义。(《中医研究》2010年第3期)

6.急性肺炎：蒿芩清胆汤加减治疗急性肺炎60例，基础方为：青蒿、淡竹茹、制半夏、生枳壳、荷叶各6克，茯苓、杏仁、桔梗各10克，陈皮、黄连各3克，黄芩15克，碧玉散(甘草2克，滑石30克，青黛3克)。咳嗽脓血者加鱼腥草、三七各10克。对照组给头孢哌酮钠一舒巴坦钠。结果：治疗组总有效率96.67%高于对照组的80%(P

7.胆囊炎：蒿芩清胆汤治疗急性胆囊炎30例，若疼痛明显者加乳香；白细胞过高者加金银花、连翘；胆结石急性发作者加海金沙、金钱草、茵陈。结果：显示治愈率达93.3%。(《河南中医》2010年第9期)

8.胆汁反流性胃炎：蒿芩清胆汤加减治疗胆汁反流性胃炎160例，对照组给予多潘立酮，并监测服药前后的胃镜，病理及幽门螺杆菌的改变。结果：两组临床对照比较，总有效率分别为95%、51.96%，治疗组疗效明显优于对照组(Plt;0.01)。(《实用中医内科杂志gt;2 010年第2期)

9.功能性消化不良：蒿芩清胆汤治疗功能性消化不良35例，若出现上腹部饱胀明显者，加香附、苏梗；泛酸明显加左金丸；便溏加香连丸；便秘加大黄；口干加芦根、天花粉；纳少者加麦芽、山楂。结果：经上述方法治疗后，总有效率为85.7%：(《吉林中医药》2001年第6期)

10.带状疤疹：蒿芩清胆汤以伏暑论治秋冬季带状疱疹11例，痊愈(疱疹消退，剧痛消失，无发热恶寒)11例，有效(疱疹消退，但仍疼痛，时有心烦、寐差)8例，无效(经治症状稍有减轻，疱疹仍疼痛)2例，总有效率90.48%。(《河北中医药学报》2003年第3期)

11.心脏神经症(经验)：宋云娟认为心脏神经症属于胆郁痰热，内扰心神，临床用本方治以清胆内湿热，化痰安神，在此方基础上加远志、瓜萎祛痰安神，煅龙骨、牡蛎重镇安神。(《中国中医药信息杂志》2008年第5期)

12.更年期综合征：本方治疗妇女更年期头面烘热症30例，伴眩晕加天麻、钩藤；伴失眠、心悸加石菖蒲、远志、酸枣仁；伴面目虚浮加白芍、槟榔；伴大便干结难解加白术、生地黄。结果：治愈20例，好转6例，无效4例，总有效率86.67%。(《光明中医》2001年第2期)