孙氏是一位富于创新精神的医家，在辨证和治病等方面都有很多独到之处，简要介绍如下。

一、独创“三印、两触、一点”的辨证方法

“三印”属于望诊范围，指察望甲印、舌齿印、腮齿印，用以辨识机体之寒热虚实；“两触”属于切诊范围，包括触按胃、脐和触摸耳壳增生物，用以辨体内瘀滞之有无；“一点”即查看全身皮肤小白点，测知毒结的有无。

二、擅用附子、干姜、肉桂等热药

孙秉严认为，肿瘤患者“不论是长江以北还是长江以南，也不论是沿海还是内地，寒型和偏寒型症候者最多，约80％。”孙氏说，寒证需用温药，“其中干姜、附子、肉桂回阳，视为必用，大寒用30g，寒轻用15g；高良姜、香附、木香、乌药、茴香温运阳气，能加强胃肠道吸收消化功能。总之，用温热药时，剂量要掌握好，还要有适当的阴药牵制。”

三、善用以毒攻毒药

孙老一直强调癌症的根本病因是癌毒，而非一般中医所强调的六淫和七情等常见的内外因。这种毒有别于中医的“热毒”、“火毒”、“温毒”等。肿瘤是一个因病致虚的疾病，所以主张“以毒攻毒”。以毒攻毒是中医治疗肿瘤的传统方法之一，但孙秉严所用的毒药与当时其他中医甚至以往的中医大不一样，其他中医无非用些癞蛤蟆、壁虎、马钱子等一般毒药，其品种少、毒性和剂量小，而孙秉严的以毒攻毒是以汞制剂、砷制剂、斑蝥、巴豆等剧毒药为主，其品种多、毒性和剂量大。另外，与某些中医只用砒霜等一两味药不同，孙秉严的以毒攻毒始终贯穿着中医辨病和辨证治疗相结合的思想，并从寒热、痰湿、气滞血瘀等多方面进行考虑，用的药味很多。他将剧毒药和其他一些毒性较大的药物制成多种成药，同时根据患者的具体情况开出辨病和辨证相结合的汤药（煎剂）。患者如果长年累月服用以毒攻毒的中药，必定会慢性中毒，孙秉严会集中一段时间以毒攻毒，之后的治疗会暂停一段时间或力度舒缓下来。

四、让邪有去路，多用攻下法

五、独特的用药套路

孙氏积几十年临床经验，用药自成套路，无论肿瘤，还是其他杂病有鲜明独特的用药风格。归纳他最常用药的套路如下：

扶阳：常用附子、干姜、肉桂、高良姜、荜拨、吴茱萸等，以附、姜、桂三味尤为常用。

攻下：常用牵牛子、槟榔、大黄、芒硝4味等。

活血：常用桃仁、红花、三棱、莪术4味等。

行气：常用木香、砂仁、枳壳、厚朴、陈皮等。

扶正：常用党参、黄芪、熟地等。

虫蚁通络：常用全蝎、蜈蚣、僵蚕、乌蛇等。

此外，按照肿瘤部位不同，加入相关脏腑引经药：如脑瘤用川芎、白芷、蔓荆子；直肠癌用槐花、地榆；鼻咽癌用白芷、荆芥、僵蚕、苍耳子等。

另外，孙氏还自制十几种成药，主要用于驱毒，药性偏峻，每案都在配用，即汤丸并进，是其治癌用药的另一特色。这些成药简介如下：

化毒片：主要成分是轻粉、雄黄、毛慈姑、蜂房、元明粉。

化郁丸：主要成分是丁香、沉香、木香、檀香等香类理气药。

化坚液：主要成分是核桃树枝。

新丹：主要成分是蜈蚣、穿山甲、山慈姑、土茯苓、鹿角。

消瘤丸：主要成分是铜绿、蜈蚣、黄药子、巴豆仁、雄黄。

寒证丸：主要成分是硫磺、附子、干姜、党参、熟地。

还有很多药物，详细情况对查孙氏著作。