临床主要用于治疗慢性胃炎、反流性食管炎等病症。

1.萎缩性胃炎：黄连汤加减治疗萎缩性胃炎54例，组成：黄连5克，干姜、桂枝、法半夏、炙甘草各10克，党参30克，大枣7枚。加减：脾胃虚弱者去黄连，加白术、茯苓，山药；胃气壅滞者加苏梗、佛手、香附；肝胃不和者加柴胡、白芍、枳壳、郁金等；湿热中阻加厚朴、藿香；胃热内壅者加栀子、黄芩；瘀血阻滞者加川楝子、延胡索、五灵腊；寒热错杂者加荜澄茄、吴茱萸等。每日1剂，水煎服。30日为1个疗程，连续治疗2个疗程。临床症状、体征消失或基本消失，胃镜复查胃黏膜活动性炎症基本消失，慢性炎症好转，腺体萎缩，肠化生和异型增生消失或减轻2个级别以上(含2个级别)为显效；临床症状、体征明显减轻，胃镜复查黏膜病变范围缩小1/2以上，病理检查急、慢性炎症减轻，腺体萎缩，肠化生、异型增生减轻1个级别为有效；达不到有效标准而未恶化者为无效；临床症状加重，胃镜复查黏膜病变加重，腺体萎缩，肠化生、异型增生上升1个级别以上为恶化。结果：显效20例，有效29例，无效4例，恶化1例，总有效率达90.7%。(《福建中医药》2007年第3期)

2.反流性食管炎：用加减黄连汤治疗反流性食管炎38例，对照组：泮托拉唑肠溶胶囊40毫克，每日1次；多潘立酮片10毫克，每日3次。治疗组：在对照组基础上给予自拟方加减黄连汤。治疗组和对照组均治疗4周，4周后随访观察临床症状并复查胃镜比较。结果：临床疗效比较：治疗组痊愈25例、有效12例、无效1例，对照组分别为11例、14例和7例，治疗组优于对照组(临床症状消失为痊愈；症状基本消失或明显好转为有效；症状改善不明显或加重为无效)。内镜下疗效比较：治疗组痊愈20例、有效16例、无效2例，对照组分别为7例、17例和8例(内镜下食管炎消失者为痊愈；食管炎改善≥1个等级为有效；无变化或加重为无效)。(《中国实验方剂学杂志》2010年第6期)