吴萸性热，味辛而苦。其功能以温中止痛、泄肝降逆著称。临床主要用于寒邪内阻及肝气横逆所致的胃痛、腹痛、呕吐、泄泻等病证。作为主药，用量6～10g，水煎服。
　　

肝病善痛。肝气犯胃，胃痛反复发作，嗳气泛酸，舌苔白者，当重用吴萸，并与白芍拌炒，取其泄肝中有柔肝之功。此证多见于消化性溃疡。若肝气郁滞明显，痛引两胁，胸闷，当加疏肝药如香附、青皮。若肝郁化热，胃痛有烧灼感，急躁易怒，舌苔黄，用吴萸须配黄连、山栀、蒲公英。久痛必瘀。当胃痛如针刺、部位固定、舌紫暗时，用吴萸当配蒲黄、五灵脂化瘀止痛。久痛必虚。胃痛日久，伴见脘胀、喜按、食减、舌淡者，为脾胃虚寒之象，治当温中有补，用吴萸配党参、白术、干姜。
　　

吴萸所治的腹痛为寒滞肝脉之证。症见少腹冷痛、拘急，男子多牵引睾丸，脉沉弦。用药以吴萸为主，配肉桂、小茴香、乌药等。
　　

平素胃寒，因肝气犯胃，胃气上逆而呕吐，是用吴萸的依据，此证临床多见于神经性呕吐，其呕吐物多为酸水、稀痰及食物，胁胀、胃痛、嗳气，舌苔白。用吴萸为主药，配以丁香、生姜、半夏。若食入即吐，可加代赭石。若兼郁热，出现心烦、舌红、脉弦数，用吴萸必配黄连、竹茹。这种呕吐，病程较久，则见中虚之象:呕吐时作时止、神疲力乏、食少、四肢欠温等，在泄肝和胃方中，当兼温补。
　　

吴萸用于泄泻，多属慢性虚寒性证候。如患者脾胃素虚，因肝木乘克，清浊不分而泄泻，大便水谷不化，时发时止，伴少腹冷痛、脉来弦细者，在温运中土方中，当疏泄肝气，用吴萸配以白芍、白术、党参、干姜。若久泻不止，脾阳虚导致肾阳亦衰，每日早晨肠鸣泄泻者，除温补脾肾外，用赤石脂、五味子等涩肠止泻，须配以吴萸温中散寒，散敛结合，可收相反相成之功。若在夏秋季节，因寒暑湿滞交结肠胃，清浊混淆，升降悖逆，突然腹中绞痛，上吐下泻不止，体内阴液大伤，筋脉因失养而拘急，即所谓“霍乱转筋”者，经验证明，在用芳香辟秽和针刺急救之后，用吴萸合黄连、木瓜、蚕砂等以辛开苦降，舒筋活络，多能使病情缓解。