黄连大苦大寒，是清热燥湿之功臣，临床用途甚广。与吴茱萸相伍，名曰左金丸，善治肝气犯胃之呕吐吞酸；与木香相伍，名曰香连丸，善治泻痢之里急后重；与黄芩、大黄相伍，名曰泻心汤，善治血热妄行之吐衄；与肉桂相伍，名曰交泰丸，善治心肾不交之失眠。

黄连尤擅清热，和胃降逆。治疗上热下寒之呕吐、腹痛，余常用《伤寒论》之黄连汤。方用：黄连、甘草、干姜、桂枝、人参、半夏、大枣。水煎服，每日1剂，2次分服。方中用黄连清上热，用干姜、桂枝温下寒，用半夏和胃降逆，用人参、甘草、大枣补虚缓急，温清并用，补泻兼施，使热得清，寒得散，胃气降，腹气通，脏腑气机升降复常，呕吐、腹痛诸证自愈。

黄连亦能清心火，宁心神。治疗阴虚火旺、心肾不交之失眠症，余常用《伤寒论》之黄连阿胶汤。方用：黄连、黄芩、芍药、阿胶、鸡子黄。先煎前三味，去渣，再加阿胶烊化，冲入鸡子黄，搅匀温服。每日1剂，2次分服。咽喉干燥者，加玄参、麦冬以滋阴；心中懊恼者，加栀子、竹叶以清心；眠后易醒者，加龙齿、珍珠母以安神；寐而不熟者，加炒枣仁、夜交藤以养心。方中用黄连、黄芩清热除烦，用芍药敛阴安神，用阿胶滋阴养血，用鸡子黄滋阴宁心。“以黄芩从黄连，外泻壮火而内坚真阴；以芍药从阿胶，内护真阴而外捍元阳。名黄连阿胶汤者，取一刚以御外侮，一柔以护内主之意也。”（《温病条辨》）本方用于治疗邪实正虚、阴虚阳亢之顽固性失眠，其效尤著。

黄连内服疗效卓著，外用疗效亦佳。治疗目睛红肿胀痛，余常按张锡纯经验，用脱脂棉蘸黄连水趁热频擦眼上，至咽中觉苦为止，则胀痛立轻。