吴茱萸汤为阳明篇方药，阳明与少阴能主观互易，若阳明与少阴，两经递相转化，则少阴不治取阳明，故少阴篇有吴茱萸汤——其实吴茱萸汤是化降阳明之寒浊。

三焦者，水谷之道路，上焦得通，津液得下，胃气因和，吴茱萸直透上焦，化降寒浊之邪，故主头痛而吐涎沫。吴茱萸汤证，有“烦躁欲死”，此欲死而已，不仅不至死，一用吴荣萸，则阴阳相见，而病愈矣。故其烦躁，乃阴阳不相遇之烦躁。寒浊堵塞于阴阳之交，而不至全然中断者，此际生机反油然而作——盖其阴阳刚欲相贯，只待寒浊廓清耳。阴阳不相遇，寒浊横阻，而生机转萌，则所谓“不及黄泉，无相见也”，可喻此旨。

眼科用吴茱萸，以吴茱萸为上升药，吴茱萸味浊，主补五脏之浊。此所谓浊，与寒浊不同，《内经》云：“清阳实四肢，浊阴归六腑”，即浊阴也；又曰：“食气入胃，浊气归心，淫精于脉”，亦浊气也。然其证，一定要有寒浊，才可用吴茱萸，盖取其升清降浊也。吴茱萸之外，方中之生姜，温中而去水气，正所以佐吴茱萸而化阴浊之邪。抗日战争时，行医香港，有南北行街一小童，十三岁，眼起翳膜，不能视，已成丧明之病，与吴荣萸汤，服之大奏功效，膜渐薄，五六剂即愈。凡寒浊之眼，投之皆准，风邪湿浊亦可，热眼则严忌。

赖海标按：

水液的代谢需肾阳的蒸腾气化，水得温则化，得寒则凝。当肾阳虚衰，水寒木郁之时可形成厥阴虚寒证。寒浊上逆，轻者可见恶心、呕吐、吐涎沫、头痛；重者可凝聚成块，形成癥瘕积聚，正如《内经》所说“阳化气，阴成形”。吴茱萸汤见于《伤寒论》第378条：“干呕，吐涎沫，头痛者，吴茱萸汤主之。”为厥阴寒浊上逆的专方，可温中补虚，降逆解凝。肝开窍于目，厥阴肝寒，寒浊上逆于目，可出现视物模糊，甚至生长有形之目翳，遮盖目睛。吴茱萸汤直上上焦，散寒解凝，降逆补虚，可改善寒性的脑部及眼底的水液代谢障碍。

小柴胡汤证与吴茱萸汤证均为木郁乘土，均可见恶心呕吐及头面五官症状。但小柴胡汤证为少阳胆热犯胃，木郁土壅，胃气上逆而出现喜呕，默默不欲饮食，口苦，目赤，两耳无所闻等症；吴茱萸汤为厥阴肝寒犯胃，木郁土壅，胃气上逆而出现食谷欲呕，干呕，吐涎沫，头痛等症。

真武汤证与吴茱萸汤证均为阳虚水寒证，但真武汤证为少阴阳虚，寒水泛滥，症见小便不利，腹痛，下利，浮肿等症；吴茱萸汤证为肝胃虚寒，浊阴上逆，症见食谷欲呕，干呕，吐涎沫，头痛等症。一为寒水泛滥，一为寒浊上逆。