孙思邈在《千金翼方·卷九》的一篇序文中说：“论曰：伤寒热病，自古有之，名贤睿哲，多所防御，至于仲景，特有神功，寻思旨趣，莫测其致，所以医人未能钻仰。尝见太医疗伤寒，惟大青、知母诸冷物投之，极与仲景本意相反。汤药虽行，百无一效，伤其如此，遂披伤寒大论，鸠集要妙，以为其方，行之以来，未有不验。旧法方证，意义幽隐，乃令近智所迷，览之者造次难悟，中庸之士，绝而不思，故使闾里之中，岁致夭枉之痛，远想令人慨然无已。今以方证同条，比类相附，需有检讨，仓卒易知。夫寻方之大意不过三种：一则桂枝，二则麻黄，三则青龙，此之三方，凡疗伤寒不出之也。”

根据孙氏以上之言分析，他重点讲述了以下三个问题：

1．提出“方证相对论”

经王叔和撰次的《伤寒论》条文，证与方上下不相连，也就是“证”的下边没有“方”衔接，这种格局不利于学习《伤寒论》和临床实践应用。有鉴于方证相离，不能一气呵成，孙氏提出“旧法方证，意义幽隐……览之者造次难悟”，所以他主张“方证同条，比类相附”，改为在证之下载其方，使方随证立，证随方呈，方证由不相顺接，而变为“方证互相对应”，扭在一起，互不分离。

以上这种改进为伤寒学带来了三大好处：①突出了方证的重点和优势；②促进了方证的集合与归纳；③加快了辨证论治的速度，打开了通向《伤寒论》的大门。自从孙思邈提出“方证相对论”的改革方法以后，又上升为学习方法与捷径，被认为是唐代伤寒学的一大发明。

2．严厉批判了伤寒误用凉药的错误

《伤寒论》第一张方子是桂枝汤，第二张方子是麻黄汤，显示了伤寒者乃风寒之邪伤人也。《阴阳大论》云：“从霜降以后，至春分以前，凡有触冒霜露，体中寒即病者，谓之伤寒也。”

但是，人们对伤寒的认识，在寒、温之间，见解游移不定，节外生枝，概念混淆不清，反而违背了仲景著书本意。因此，以寒训温、指鹿为马的问题不时发生，以凉药治疗风寒则习然不察。

今人学习《伤寒论》，我认为有三个难题：用经络学说一难也；用气化学说二难也；用桂麻治疗伤寒三难也。

孙思邈痛心疾首地指出：“太医疗伤寒，惟大青、知母诸冷物投之，极与仲景本意相反，汤药虽行，百无一效。”对用寒凉之药治疗风寒之误，铿锵有力，说得淋漓尽致。陶渊明有“今是昨非”的警句，喜用寒凉，诋毁温热，“矫枉过正者”应引以为戒。

3．建立治疗风寒三方

孙思邈在《伤寒论》众多方证之中提纲挈领，经过认真的筛选之后，他说：“夫寻方之大意，不过三种：一则桂枝，二则麻黄，三则青龙。”并且具体地写出：“太阳病，用桂枝汤法第一”(五十七证，方五首)；“太阳病，用麻黄汤法第二”(一十六证，方四首)；“太阳病，用青龙汤法第三”(四证，方二首)。

由此可见，太阳病治疗风寒之方，皆为“正对之法”，至于柴胡等诸方，皆属吐下发汗后不解之事，则非正对之法。太阳病确立桂枝、麻黄、青龙三方，按类立阵，如大将建旗鼓，望之各归麾下，而使方证对应井然不紊，“凡疗伤寒不出之也”。日本江户时期古方派医家吉益东洞所著的《类聚方》，是在孙思邈“方证相对论”启发之下形成的。这本书的质量较高，尤以临床价值不容忽视。