劉赤選從事中醫教學醫療工作60年,精通醫理,學識淵博,積累了豐富的經驗。在醫療上,以擅長溫病而著稱,對傷寒造詣亦甚深。他認為南方溫熱病十分廣泛,在急性外感熱病中,溫病總是佔大多數,所謂「傷寒十無一二,溫證十有六七」。他主張溫病分為四類,即溫熱、燥熱、風溫、濕溫。又有四夾,即夾痰水、夾食滯、夾氣郁、夾血瘀。診斷上首重辨舌,對「驗舌決生死」經驗獨到。其辨證施治,則以葉天士衛氣營血為綱,以病統證、對證擬方。他認為南方疫病,熱勢焚亂,由里達表,始終皆熱,應很好地掌握溫病各個階段用藥指徵,羚羊犀角,當用即用,清營涼血時切勿忘記滲利痰水濕濁。1957年,他與廣州市傳染病院合作,運用中醫藥治療乙型腦炎160例,療效顯著,後遺症少,病人恢復較快。他還多次參與「乙腦」、「流腦」、「鈎體病」、「腸傷寒」和「流行性出血熱」等傳染性急重疾病的搶救。
劉赤選常常教導後學「精研《傷寒論》經典著作之余,不能囿於仲景成法而故步自封,忽視後來之發展;而讀通溫病學說之後,亦不能忘記源出於《傷寒論》,妄自抹殺古人成法。」這些觀點與精辟論述,對傷寒論與溫病學的理論及臨床影響深遠。劉赤選主張「治重症大症,要用仲景經方,治溫熱時病,葉派時方,輕靈可取」。在治療內科雜病方面,臨床經驗豐富,立法遣方有道,加減用藥精專。精通《靈樞》、《素問》與《傷寒論》理法,對金、元、明、清諸家學說亦能兼收並蓄,運用自如。劉赤選曾提出「研究溫病者,必先鑽通傷寒」。反對經方、時方兩派的門戶之見。無論在教學過程或著作中,闡述傷寒原著,總從臨證實用出發,認為仲景辨證條分縷析,組方用藥嚴謹精當,療效卓著,奉之為圭臬。他臨證善用經方治療內科雜病,如用吳茱萸湯治療「胃虛寒飲之噎膈」,桂枝人參湯治療「虛寒胃痛」,豬苓湯治療「陰虛水腫」,當歸四逆湯治療「風濕寒痹」,苓甘五味姜辛湯治「肺寒哮喘」等。劉赤選運用經方,反對機械地對號入座,用藥最忌龐雜,崇仲景藥少力專之旨,形成用藥味少而量大的風格。在搶救危重病症時,尤顯膽識過人,如用白虎湯為主治療暑察(鈎端螺旋體病,肺出血型),用白木通加豬膽汁湯治療陰枯陽竭之昏迷(肝昏迷),用大承氣湯治療陽明腑實之熱厥(病毒性腦炎)等,每起沈痾。在治療外感時病,多用時方,如常以新加香薷飲合清絡飲治療「暑濕初起發熱頭身痛」,用桑杏湯治療「秋燥咳嗽」,用王氏連樸飲治療「暑濕吐瀉」,用三仁湯治療「濕溫洩瀉」等,每以時方法活靈巧取勝。劉赤選對後世各家醫籍,常精研不倦,臨證所用之方,亦旁及各家。如用《冷廬醫話》醉鄉玉屑散加減治痢疾,《局方》失笑散加味治療關格,《病機氣宜保命集方》黑地黃丸治療便血,《傅青主女科》二地湯治療月經過多等。根據臨床千變萬化的病情,自擬的方亦不少。其選方精良,加減靈活,思路開闊,既能秉承前賢之精華,又能發揮古人之未備。