命门之名，凡三见于《内经》。即《素问·阴阳离合论》的：“太阳根于至阴，结于命门。”《灵枢·根结篇》的：“太阳根于至阴，结于命门，命门者目也。”《灵枢·卫气篇》的：“足太阳之本，在跟以上五寸中，标在两络命门。命门者，目也。”显然，《内经》所言命门，是指与足太阳膀胱经相连属的眼睛。

《内经》的目睛命门观，与古代先民的眼睛崇拜有关（如三星堆文化），以生命之门户为命名意向，以聚精藏神为立意基础。唐·王冰注解说：“命门者，藏精光照之所，则两目也。”《灵枢·大惑论》对目之藏精有明确论述：“五脏六腑之精气，皆上注于目而为之眼。精之窠为眼，骨之精为瞳子，筋之精为黑眼，血之精为络，其窠气之精为白眼，肌肉之精为约束裹撷。筋骨血气之精而与脉并为系，上属于脑，后出于项中。……是故瞳子、黑眼法于阴，白眼、赤脉法于阳也，故阴阳合揣而精明也。”显然，五脏六腑对于眼目，是一种精气汇聚奉养和神气集中显露的关系。这实际上是将眼睛范型化了。因此，《内经》的目睛命门观，无论是形位意义，还是范型意义，都与《难经》以后的命门观不同，还不具备范型之本体的含义。然而，此后命门观的沿革及命门学说的形成，却是在这一基础上发展起来的。

《难经》命门观较之《内经》命门观有了明显的进步，对有明一代命门学说的形成发挥了承上启下的关键作用。《难经·三十六难》说：“其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。”这就将《内经》的目睛命门转换为右肾命门。此种概念转换并没有脱离《内经》的学术思想。因为，目睛与两肾都有藏精作用。《素问·上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之。”注意：肾不仅藏精，而是受五脏六腑之精而藏之。这样，从目睛命门转换为右肾命门就有了变革基础。此外，目睛为足太阳膀胱经所系，肾为足少阴经所属，二者内外表里相合。于是，将外在生命之门的目睛转换为内在生命之本的右肾，便是顺理成章的了。明·孙一奎在《医旨绪余·右肾水火辨》也指出：“盖太阳乃肾之表，目者宗脉精华所聚，故特以精华之所聚处，而名之为命门也。”

从《内经》命门观到《难经》命门观的概念转换，是一次关于命门形位及作用的学术革命。它将五脏六腑之精对目睛命门的奉养关系，转换为右肾命门对五脏六腑之精的蓄藏关系及原气本体。由于肾之藏精与目聚精的意义不同，故右肾命门观与目睛命门观就有了本质的区别。《难经》关于命门为诸神精之所舍、原气之所系的论述即是明确界定。所谓神精原气，亦即生气之源，带有根本、本原之义。诚如《难经·八难》所说：“诸十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原。”《难经·六十六难》对肾间动气作了说明：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。”所以，原气、生气之原、脐下肾间动气，应该是同一个概念，三者的同一性就体现 为一个“原”字。这就有了本体的意谓。而命门又为原气之所系，即是原气之由来，即是由所舍的神精化生为所系的原气，具有比原气更根本的意义。于是，一个包含着人体范型本体性学术思维的概念序列产生了：命门神精——原气（生气之原、肾间动气）——十二经脉、脏腑气机、呼吸之门、三焦之原。

《内经》到《难经》命门观沿革背景，首先是那一时期的思维习尚，即先秦易学始于太极的本体论思维以及阴阳对举、内卦外卦的程式思维。由目睛命门到右肾命门的概念转换就明显带有此种思维色彩。在这一思维背景下，《难经》作者或许是出于对肾有两脏这一事实的思辨，抑或是出于对脐下腹主动脉搏动感觉的思辨，而作出右肾命门及肾间动气的命门概念转换。但《难经》作者对《内经》理论实质的深刻理解以及提要勾玄的卓越范型意识，不能不令人感到惊异：噫！微斯人，吾谁与归？

总之，《难经》对《内经》命门概念的转换和重新界定，成为关于人体范型本体结构研究的一个重大学术命题，意义十分深远。