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本书以《素问》《灵枢》《汤液经法》为宗，仲景之方为祖，宋元以后时方以类附隶，并多采戴原礼《证治要诀》、王纶《明医杂著》方而撰成。
作者施沛，明末医家。字沛然，号笠泽居士、元元子。华亭（今属上海）人。精于辨证，尤擅治伤寒。与名医李中梓有交往。著有《祖剂》四卷。又将四十余年潜心研究医经之心得撮要纂成《脉微》两卷。自称得杨介所绘《存真图》原本，参以他书，纂为《藏府指掌图书》一卷，纠前人之误颇多。另有《经穴指掌图》《医医》各一卷。所遗医案《云起堂诊籍》一卷，录有医案29则。
本书载主方75首，附方768首。为方书中采用类方体例的代表作，本书“首冠素灵二方，次载伊尹汤液一方以为宗，而后悉以仲景之方为祖，其《局方》二陈、四物、四君子汤等，以类附焉”。如李东垣补中益气汤、朱丹溪越鞠丸等，诚发前人所未发也。亦作为同类方剂之祖。如是溯源流，俾读者了解古今方剂承前启后的梗概，为研究方剂学发展史提供了较有价值的史料。惟其归类准则不一，或以同一方剂加减而相附，或以方剂名称相近而相属，或以方中主药相同而相归，或以方剂功效相似而相类。
现存明崇祯十三年（1640）刊本。1983年上海古籍书店据此出版影印本，1987年人民卫生出版社出版点校本。
本书对研究方剂学的理论和源流有参考价值。
《云起堂诊籍》妊娠恶阻案
祠部 吴玄水 先生，有仆妇妊，妊病呕吐，四十日不进糜饮，念七日不溲溺，众以为必死矣。余诊六脉俱沉滑而数，曰：此痰因火搏，凝结中脘，阴阳失次，气苞血聚，是谓关格。靡有攸处，治以则生，不治则死。先生曰：虽...
白术
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《云起堂诊籍》痹症案
户部许替勿先生，患痛痹，不能步履者几浃旬矣。医遍留都，无能取效。余友俞伯彭乃先生年家子也，谓先生曰：欲其是疾，非云间施某不可，当为先生致之。先生唯唯，俞乃将先生命召余。余往诊曰：病得之暮不收拒，数见露...
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《云起堂诊籍》预知死期案
塾师庐九华，与表兄祁君彦交最善，病着痹，表兄命余诊。庐五子，寓于女家。先是庐召他医诊治，业已处剂。余诊毕谓曰：剂与证对，但不可责其近效。出谓其女家曰：病必不起，须善视之。归即柬报表兄曰：倾视庐恙，已绝...
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《云起堂诊籍》万灵膏治腿痛案
少司成 张侗初先生，患足胫痛，且三年矣。召余诊，两尺脉沉细而涩，余曰：此下焦元气不足，不能荣养筋骨，当用滋补舒筋之剂。不数服，病少间。会举封翁大襄，病旋作且甚。复召余诊，则脉兼浮数，元气愈耗矣。为制人...
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《云起堂诊籍》崇脉案
廉宪张七泽先生长子舍，病遍身攻疰疼痛，或以为流火，或以为痛风。余曰：此飞尸血厥也。脉法乍浮乍沉，乍大乍小，皆为崇脉。今脉有是诊，且芤而革、病得之血壅气滞，为外邪所干，惟獭肝忍冬膏可治。但獭肝不易得，即...
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《云起堂诊籍》同病异治案
比部杜梅梁先生封翁及乃弟，同日患滞下，糜饮不入口。数日后召余诊，余曰：太翁六脉微小，虽困无苦。令弟脉浮而数，按之欲绝，少转展则汗出如沐，舌若烟煤，此虚侯也，顾亦非不治之证。梅梁先生曰：如君言，则病有轻...
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《云起堂诊籍》神门脉绝案
留都司 契轩主人 王于蕃 病，形体如常，饮食渐减，丙辰十一月六日召余诊，神门脉（手少阴心经神门处动脉，位于掌后锐骨端陷中的动脉处，《素问·至真要大论》:"神门绝，死不治."王冰注:"神门，心脉也."）...
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《云起堂诊籍》盗汗案
公谟病，服参芪数日后，每将昏反发热，至丙夜得盗汗而解。余曰：此阴虚不胜其阳也。主人难曰：始无是证，今服参芪亦云伙矣，而阴反虚耶？余曰：不然！参芪虽能补阳助阴，而阴血未易骤生。用六味丸料加当归、人参、橘...
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《云起堂诊籍》尿浊案
公谟病渐瘥而小便黄浊，一医欲用淡渗之剂，余曰：《灵枢》不云乎“中气不足，溲便为之变”？但当守前散，加黄柏一、二分可也。医曰：黄柏一、二分，遂足清利小便耶？余曰：子不观漉酒者乎？浊醪数斗，投以黄柏少许，...
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《云起堂诊籍》痰嗽案
进士莫公谟，患痰嗽，日吐痰数盂，形体消瘦。佥曰火哉，纯用柔剂。丁巳谷日召余诊，余曰：此肝乘脾也。脉数而关弦，面黄而鼻青。补之则瘳，泻之则剧。用六君子汤加酒炒白芍药、姜炒黄连，二剂。原医者谓余不谙病情，...
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