《本草真诠》为明代杨崇魁著，成书于万历三十年(1602)。

本书系汇集前代医药文献整理而成。共分上、下两卷，每卷又分三集。

上卷一集为五运六气学说，主要摘录汇集《素问》七篇大论内容，加以分类整理而成，并附运气图，较《素问》更加系统，易于掌握;二集为经络学说，主要依据《灵枢·经脉》内容，采用七言歌诀形式，介绍十二经脉循行及“是动”“所生”疾病，并介绍了各经补泻温凉、报使引经药物;三集为药性分类，体例与《本草集要》相似，分为风、热、湿、燥、寒、气、血、痰、疮、毒、妇人、小儿十二门，每门又分若干类，简单介绍了1231种药物(包括重复)的功效主治。

下卷一集首列诸品药性阴阳论，汇集了《素问》对药物气味厚薄、升降浮沉等阴阳属性的论述，然后分温、热、平、凉、寒五类药物，每药略述畏恶反使、气味归经、用药注意事项和功效主治等，最后介绍了“诸水”的临床应用;二集为食治门，分为米谷、菜蔬、果品、走兽、飞禽、虫鱼六类，收药141种，以歌诀加注形式，介绍了诸品的气味及功效主治;三集是摘取金元医家著作及本草序例中的相关内容改编而成，诸如十二经水火分治歌、五脏苦欲补泻药味、用药升降浮沉补泻法、标本阴阳论、五方之正气味、制方之法、七方、十剂，以及治法、产地、收采、藏留、贸易、咀片、制药、用药注意事项，尚有四气、五味、七情、五用、东垣随证治病药品、东垣用药凡例等。可谓资料全备，编排独具匠心。

《本草真诠》虽在学术上有一定创意，但杨氏毕竟不是医家出身，所论药物功效主治亦欠全面，故在社会上影响甚小，自万历三十年(1602)第一次雕版印刷后再未刊行。现北京大学图书馆藏有余良进怡庆堂刻本。