《吴氏医方汇编》全书不分卷，线装分订5册。第一册封面书“吴杖仙手稿”。此书原稿现藏于南京中医药大学图书馆，编号为:卯14~84(共5 册)。全书原有目录分置其1、2、5 册之首，且有缺漏，现据全书内容重新编写目录，书中内容均依原样，未作任何改动。因版式的改变，书中的方位词“右”均改为“上”。

《吴氏医方汇编》是一本中医外科学专著，全书系统而全面地总结了中医外科临床各种常见病证的治疗方法，包括内服和外治方法。各类处方，数以百计。既有经方，又有验方。经方备列加减变化，验方处方编精简实用。在治疗上，吴氏始终强调内服与外治相结合，并且要注意辨证论治。全书以病为纲，先论病因病机，次述治疗要点，然后介绍方药。如“疥癣”，吴氏认为是由“脾之湿热及肺之风毒客于肌肤所致”，“癣发于肺，而疥又兼乎脾”。治疗“不当只有外敷之药，须内服宣毒之剂，方能奏功”。其后附有“苦参丸”“防风通圣散”“疥药方”等 21 个处方。书中还专门介绍了各类内服方药，包括托里之剂、清解之剂，发散之剂，攻里之剂、补养之剂、通用之剂等。外治方法除了大量的外敷方药外，包括割治、淋洗、灸法等。另外书中还介绍了某些药物的炮制方法、各种常用外科器械的规格等。